灵活就业医保和居民医保的区别是参保缴费人群不同、缴费方式不同、报销比例不同等。具体是：
1、参保缴费人群不同
灵活就业医保是指的以灵活就业人员身份自己缴纳职工医保，就是俗称的灵活就业人员医保的参保人。如果是缴纳的居民医保，就是不能参加职工医保的，除了灵活就业的人员以外的，老人小孩都能参加的居民医保。
2、缴费方式不同
灵活就业人员是缴纳的职工医保，那么每月都需要缴纳医疗保险费用的，若中间断缴，会影响到医疗保险待遇的享受。而居民医保是一年一缴的，缴纳一年的费用，可以获得一年的保障，但是错过了集中缴费时间可能不能补缴。
3、报销比例不同
灵活就业的医保报销比例其实就是职工医保报销比例，其报销的比例会高些；城乡居民医保的报销比例相对低些。以黑龙江省鸡西市为例子，住院报销其城镇职工在职人员在本市定点医疗机构住院政策范围内报销比例是“一级医疗机构是90%、二级87%、三级85%”，退休职工按照对应医院级别相应提高2%。而城乡居民在本市定点医疗机构住院政策范围报销比例是“一级医疗机构是90%、二级80%、三级65%”。
4、医保账户不同
灵活就业人员缴纳的职工医保通常会分医保个人账户和统筹账户，其中个人账户每月会有部分金额返还到医保个人账户中，这部分的钱可以用来在定点药店购买药品，也可以在定点医院进行看病消费，各地具体使用方法不同，现在个人账户家庭共济制度逐渐普及，个人账户会发挥更多的作用。居民医保是没有医保个人账户的，享受不了这方面的待遇，只有住院后才能进行报销。
5、退休后有不同
灵活就业人员如果参加了职工医保，也就是所说的灵活就医医保，在缴费年限达到规定后，则可以享受退休后免缴待遇。而参加居民医保不可以，则需要一直缴费，一年一缴费。
