医保卡跨省转移余额不会清零。根据国家规定，医保卡跨省转移后，个人账户里面的钱是不会清零的，不过也不能转移，但是参保人可以办理医保卡个人账户余额提现手续。因为医保卡只能在当地协议的医药机构使用，无法在跨省后的异地使用，因此医保卡内的个人账户无法转移到异地，不过参保人可以凭异地医院药店消费发票（发票抬头需和医保卡名字一致），去医保卡发卡银行的任一网点，将发票上的消费金额从医保卡的医保专户转账到活期储蓄账户中。
此外，医保卡跨省转移后，缴费年限可以合并计算，但是如果有重复缴费的情况，那么重复缴费的年限是不会累计计算的。
一般来说，社保转移只能转移养老保险、医疗保险和失业保险，转移前后的缴费年限可以累计计算。此外，公积金也是可以转移的。
