缴费标准不同：社保因为有五险，缴费比新农合高很多，通常由单位和个人按比例进行缴纳，工资越高，交的金额就越高。新农合是按缴费档次进行缴纳，可以自己进行选择。
适用范围不同：社保中的医保，可以用于药店买药、住院治疗报销等。新农合目前在多个城市只有住院才能报销。
报销标准不同：职工医保报销比例普遍比新农合要高，而新农合在不同的乡镇报销的比例都是不同的，补助的比例也是不一样的，例如有的地区县内一级医院60%，二级医院50%，县外医院40%。
