交了灵活就业社保，就不需要交农村合作医疗了。即便是同时交了，那么后续在使用的时候，也无法同时使用灵活就业社保和农村合作医疗。
比如说，如果参保人发生住院医疗费用，那么只能使用灵活就业社保或者农村合作医疗进行报销，而在使用了其中一项报销后，就不能再使用另外一项进行报销了。所以说，灵活就业社保和农村合作医疗实际上有一定的冲突性，无需都缴纳。
一般来说，如果没有用人单位的话，那么可以自行缴纳灵活就业社保或农村合作医疗，不过两者都需要有当地的户籍才能交。而从性价比上来说，灵活就业社保相对来说会高一些，比如灵活就业医保在进行报销的时候，可以报销的金额要比农村合作医疗要多一些。不过如果是从缴纳的保费来看的话，灵活就业社保需要缴纳的保费会比农村合作医疗要高一些。
