新农合手术费报销比例是根据医疗机构级别不同而有区别，在不同级别医疗机构产生的手术费用报销比例如下：镇卫生院报销比例：60%；二级医院报销比例：40%；三级医院报销比例：30%。
另外，手术过程中进行的X光透视、拍片、心脑电图、核磁共振等检查费用通过新农合报销限额的是200元，手术药物费用根据不同级别医院的报销比例来进行确定。
