肠镜医保不一定可以报销。如果是在门诊进行的肠镜检查，那么只能用医保个人账户进行支付，而不能用医保统筹账户报销，当然，如果医保卡个人账户里面没钱了，那么相关医疗费用也就只能由参保人自己支付了。但是，如果是因为较重疾病住院，而必须需要进行肠镜检查，则可以用医保统筹账户报销。
医保包括个人账户和统筹账户两个部分，其中，统筹账户的钱可以用于在定点医疗机构住院、看特殊门诊时进行报销；个人账户的钱则可以用于在定点医疗机构看一般门诊、买药时进行支付。
