没什么区别。
定期存单的黑色公章和红色公章的区别就是一个是交易打印的电子印章，一个是手工加盖的业务印章。二者的作用是一样的，具有相同效力。
银行定期存单的黑色章属于机打凭证类的单子，显示黑色印章的一般是回执类、对账类、查询类等等的单子，比如说在自助取款机上取款或者存款打印的凭证，只是为了客户知晓而存在的。红色印章是机出单子后银行工作人员手工加盖上的，一般涉及的是凭证类的单子，比如存单、存折等等，需要客户走账的单子就会加盖红章。现在银行票单上大多都是使用的黑色电子章，除了一些特殊的专用章之外，客户一般可以在官网或者利用印章上的验证码查询此章的真假。
拓展：
电子业务章也叫电子印章，是指通过计算机技术将印章上的刻字复制到电脑上，就是电子版本的印章。2014年各大银行开始广泛使用，电子章和实体章一样，具有真实性和时效性。
