合作医疗和社保主要在参保对象、保障期限、报销比例、缴费标准这四个方面有所区别，具体如下：
1、参保对象不同：农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民；社保参保对象为在职职工或城镇居民；
2、保障期限不同：农村合作医疗保险是交一年保一年；社保中的医疗险是要求持续缴纳最少20年就可以享受终身医保待遇；
3、报销比例不同：农村合作医疗保险报销比例较低；而社保中的医疗保险报销比例较高。
4、缴费标准不同：农村合作医疗保险一年只需要一两百元；社保中的医疗险需要缴纳几十上百元一个月，一年需要上千元。
合作医疗和社保是两种完全不一样的保障制度，合作医疗只能为农村居民提供基础医疗保障；而社保可以为职工提供养老、医保、生育、失业、工伤五个方面的保障。
