农村合作医疗和社保是两个完全不同的概念，主要区别如下：
1、概念不一样：农村合作医疗简称新农合，现在已经和城镇居民医疗保险合并，统称城乡居民医疗保险；社保就是指养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，通俗的说就是“五险”。
2、投保人群不一样：农村合作医疗只有农村户口才能办理；社保针对的是有正式工作的员工。
3、缴纳费用不一样：社保要比新农合贵很多，新农合一年的缴费金额也就在两百元左右，而社保最低缴费一年也要千元以上。
4、作用不一样：新农合的作用在于报销农村居民看病就医产生的费用，除了门诊报销、住院补偿还有大病保险；社保有五个险种，可以在医疗、养老、生育、工伤等方面提供帮助。
狭义的社保指的就是城镇职工社会保险，广义的社保指的是全部的社保制度，农村合作医疗也算是一种社保制度。
