1、含义不同
两者都是是投资者交易成本的重要组成部分，也是交易所的主要收入来源之一。证券经手费是指在证券交易所的场内交易之后，按照实际成交额计算的一定比例向证券交易所缴纳的交易费用。证券经手费一般是由证券公司直接向客户收取。
印花税是指在某些特定的交易或行为中，按照法定比率征收的一种税费，主要用于保证合同和文件的合法性和有效性，以及维护国家的财政收入，股票印花税主要是由国家征收，由券商代扣之后再统一上交。
2、征收部门不同
证券经手费主要是由证券公司收取的，并且是直接向证券公司收取的，证券公司一般与投资者是有合同关系的，并且由证监会进行监管。
印花税主要是由国家征收的，征收主体是国家的财政部门，由国家税务机关负责征收，具体一般是由地方税务机关根据国家相关规定执行收取。
3、计算方式不同
证券经手费根据其组成部分的不同、交易金额以及证券公司的政策进行计算。印花税的计算是根据投资者的成交金额和固定的收取比例收取的。两者的收取都需要遵守相关法律和证监会的规定。
4、收取目的不同
证券经手费的收取目的是降低投资者交易过程中的交易成本，并且提高证券公司的盈利性。印花税征收的主要目的是支持国家的建设和发展。
5、收取比例不同
证券经手费：自2023年8月28日起，将A股、B股股票交易经手费从按成交金额的0.00487%双向收取下调为按成交金额的0.00341%双向收取，降幅达30%。
股票印花税：印花税的收取是固定的，不可以协商收取。其一般按照成交金额的千分之一收取，全国统一标准，并且是单向收取，也就是只在卖出股票时缴纳，买进股票不收。
