新农合保险住院报销比例与所在治疗机构的等级有关。
一般镇卫生院可报销60%；二级医院可报销40%；三级医院可报销30%。住院报销范围包括药费；辅助检查费用，比如心脑电图、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费，限额200元；手术费等费用。60周岁以上老人在镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
新型农村合作医疗基金支付设立起付标准和最高支付限额，医院年起付标准以下的住院费用由个人自付，不同地区的起付标准和支付限额都是不一样的。
有的地区新农合保险还包括大病报销，对于一些重大疾病会有基金补偿，比如恶性肿瘤、尿毒症等特殊病种。
