合作医疗在外地住院的话可以申请异地就医报销，报销流程如下：
1、带患者身份证、新农合医疗证等到参合地的经办机构办理转诊备案手续；
2、携带患者身份证、新农合医疗证和转诊备案手续到转诊医院就医，办理新农合住院手续；
3、出院后，凭患者本人身份证、新农合医疗证、住院费用清单等材料到参合地经办机构申请报销。
大家注意一定要先向当地的社保经办机构进行备案，如果人本来就在外地的话，可以通过电话进行报备，也可以让亲属朋友帮忙报备。
