惠民保和合作医疗并没有冲突。
新型农村合作医疗是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。惠民保由多家商业保险公司共同承保，由政府牵头，不管男女老少、有无病史都可承保，费用还很低，保障内容比较广，是一种普惠型保险。不过农村居民想要投保惠民保就必须先参保合作医疗。
惠民保和合作医疗是相互补充的关系，一些无法由合作医疗报销的费用，大多数都可以用惠民保进行报销，比如很多惠民保能够提供指定的进口药和特效药保障；惠民保的免赔额度又比较高，免赔额部分可以由新农合进行报销。
