百万医疗险都有设免赔额，通常为5000元或1万元，免赔额内的费用保险公司不予报销，被保险人可以通过社保、公费医疗、大病保险等途径进行报销。还有一些百万医疗险，如太平超e保，免赔额为1万，不出险次年可减1000元免赔额，最低免赔额8000元。
另外，投保人可以搭配小额医疗险，小额医疗险的免赔额一般为100元或500元，可以弥补百万医疗险高额免赔的缺陷。
